Ares es el hijo de Cronos y Rea, y hermano de Zeus padre de los dioses griegos, en la antigüedad se le adoraba como el dios del Mar, y fue venerado durante siglos como uno de los Dioses griegos de mayor importancia. Neptuno vio como al igual que el resto de los dioses, disminuía su culto con la llegada del cristianismo, y tras la decisión de Zeus que, en lugar de combatir al cristianismo, decidió no tomar cartas en el asunto, y con el tiempo, el Olimpo fue olvidado por los mortales. A consecuencia de esto, Neptuno hubo de renunciar a la adoración de los habitantes de la superficie, sin embargo, continuó contando con la plena adoración de los habitantes de las profundidades del mar, como eran los Atlantes, los Lemurianos y otros. La primera aparición de Neptuno, tuvo lugar cuando hace dos mil años, cuando apareció entre los habitantes de las profundidades, un culto hacia un nuevo Dios, el dios Set, que contó con un gran número de seguidores entre los Lemurianos, y que amenazaba con extender su influencia hacia los mas fieles seguidores de Neptuno, los Atlantes. Neptuno decidió tomar cartas en el asunto para no perder también su influencia sobre los Atlantes, y se apresuró a destruir a los seguidores de Set que se encontraban entre los Atlantes, tras esto, adquirió forma de Atlante, y permaneció entre ellos durante siglos, actuando como su protector.

Ya en tiempos más recientes, Neptuno se le apareció a Namor, el Hombre Submarino, y le ordenó que buscara su tridente, indicándole que le serviría para recobrar el trono de Atlantis, poco después se apareció a todos los atlantes, proclamando a Namor como su legítimo gobernante, y le explicó a Namor su papel como gobernante de Atlantis, que llevaría en el futuro a su pueblo a un destino glorioso. Neptuno vio con desagrado, pero sin intervenir, como Namor era expulsado de Atlantis por los atlantes, y como formaba el nuevo reino de Deluvia.

Mientras, en la superficie, los Vengadores eran atacados en su propia mansión por los Amos del Mal, que secuestraron a algunos Vengadores, y casi matan a golpes a Hércules, sobrino de Neptuno, e hijo de Zeus, el jefe de los Dioses. Zeus ordenó a otro de sus hijos que recogiera el herido cuerpo de Hércules del hospital donde se encontraba, y basándose en los delirios de su hijo, acusó erróneamente a los Vengadores de ser los causantes de las heridas de su hijo, y ordenó a los Dioses que procedieran a la captura de todos los miembros de ese grupo para castigarlos. Así, mientras algunos de sus hijos viajaban a la Tierra a capturar a los Vengadores, y dos más de sus hijos se quedaban en el Olimpo para capturar a Thor, Neptuno recibió la orden de Zeus de apresar a Namor. En contra de su voluntad, pero incapaz de desobedecer la orden de Zeus, Neptuno viajó a Deluvia, donde Namor se encontraba fundando un nuevo reino tras su expulsión de Atlantis, y una vez allí, lo capturó. El dios olímpico llevó a cautivo desde el Atlántico hasta las aguas de la Laguna Estigia, en el reino de Plutón, en el Hades, donde lo entregó al guardián del reino de los muertos, Cerbero. Sin embargo, tras la marcha de Neptuno, Namor escapó y liberó a los Vengadores. Estos, tras regresar del Hades al Olimpo, y tras una dura batalla contra Zeus y el resto de los Dioses Olímpicos, convencieron a Zeus de su inocencia, tras lo cual Zeus les perdonó, y además impuso una prohibición de que ningún olímpico pudiera volver a viajar a la Tierra, por lo Neptuno no pudo regresar a los mares terrestres.

Desde entonces, no se ha vuelto a ver a Neptuno, que hubo de abandonar a sus seguidores Atlantes.